Coordenada e supervisionada pelo COS – Centro de Operação do Sistema, a operação do sistema hidroenergético da Emae inclui as usinas hidrelétricas Henry Borden, Porto Góes e Rasgão e as usinas termoelétricas Piratininga e Fernando Gasparian, além da operação das estruturas hidráulicas, canais e reservatórios, visando, principalmente, a atenuação das cheias na Região Metropolitana de São Paulo.