Graças à ação preventiva na operação de seu sistema hidráulico, a Emae impede que áreas localizadas no vale do rio Pinheiros sofram com as inundações a que estariam sujeitas nas épocas de chuvas intensas, além de contribuir, por meio de seus reservatórios, para o controle dos volumes de água. Essa operação, denominada controle de enchentes, tem como objetivo atenuar e direcionar as ondas afluentes aos vários pontos do sistema, reduzindo os riscos de inundação.

Esse esquema de operação inclui: a antecipação da abertura total das comportas da Barragem Edgard de Souza, dando escoamento natural às águas do Tietê; a separação das bacias dos rios Pinheiros e Tietê por meio do fechamento da Estrutura de Retiro; o acionamento das estações de bombeamento das usinas São Paulo e Pedreira para controle do nível de água no canal Pinheiros; e a utilização dos volumes de espera nos reservatórios Billings, Guarapiranga, Pedras e Pirapora para atenuar as ondas de cheias de suas próprias bacias e minimizar o risco de inundação a jusante, nos rios Pinheiros, Tietê e Cubatão.